A Chakra egy olyan belső energia, ami a Chakraereken belül kering a szervezetben. Ezek az erek behálózzák az egész testet és körülveszi az összes belső szervet és sejtet, még a proteineket is. Ezt a Chakrafolyamot ami ezekben az erekben kering, képesek vagyunk mentálisan irányítani. Ez a keringési rendszer rendelkezik 361 ponttal ahol képesek vagyunk ezt kiáramoltatni, ezeket a pontokat Tenketsu-nak nevezik.
A Chakra az ember szellemi és fizika erejének a keveréke, ennek függvényében 5 féle lehet: Tűz, Víz, Villámlás, Szél és Föld. Ezeknek az erőknek a keverékéből állítódik össze egy olyan erő, amivel aztán képes különböző Jutsu-kat (Ninjutsu, Genjutsu és Taijutsu) véghezvinni.
A Jutsu végső formáját a Chakra irányítása és a kézpecsétek megfelelő sorrendje határozza meg. A kézpecsétek számtalan kombinációban léteznek, így Jutsuból is számtalan van